学院科研概院科研基础扎实,2012-2015年,承担国家及省市各级科研项目140余项,争取的科研经费超1.6亿元;其中,主持国家科技支撑计划项目“高藻水源地供水卫生保障羟基自由基氧化技术研究与示范”,承担或参与承担国家“973计划”课题5项;承担国家自然科学基金重大重点项目9项,牵头承担了“封闭海湾典型生境物理修复和生物修复的关键技术研究与集成示范”、“东南沿海半封闭海湾生态系统对人类活动干扰的响应评价、生态重构技术及示范”国家海洋公益性行业科研专项2项,参与承担9项;参与其他部委公益性专项4项。 
       此外,学院还承担省市重大专项项目,积极为服务地方社会经济发展和生态文明建设做出贡献。受地方政府委托承担的“汀江源河流综合整治与生态走廊建设规划”、“龙岩市生态文明示范市建设规划”和“贵阳市观山湖区生态文明示范城市先行区建设实施规划”项目,为指导当地生态文明建设,实现地方经济社会全面、协调、可持续发展提供科技支撑。主持的福建省环保厅专项“福建省重点流域水环境综合管理科技支撑”,为福建省流域水环境综合管理战略调整、国家流域水环境的区域管理、协调保护提供经验及示范。此外,学院还承担了一系列如“福州市元洪投资区总体规划环境影响评价”、“福建江阴西部控制性规划环评”等规划环评项目,为区域、地方的规划发展提供科学依据。 
       2012年以来,学院教师在Science, PNAS, Limnology and Oceanography, Ecology, Environmental Pollutio`s\4l V)E(`s\4l V)als, Tree Physiology, Journal of Chromatography A等环境、海洋及生态学科国际高水平期刊发表SCI/EI等研究论文400余篇;荣获省部级各项科研奖励7项;授权国家发明专利16项。